De inwoners van Sint-Truiden zijn stilaan vertrouwd geraakt met de aanwezigheid van bouwkranen op campus Sint-Jozef. Met als ultieme doel de architectonische eenmaking van beide campussen in 2013, werd sinds het voorjaar 1994 immers fors geïnvesteerd in een nieuwbouw uitgerust met de nieuwste technieken om kwaliteitsgeneeskunde te kunnen aanbieden. Met deze nieuwbouw beantwoordt het ziekenhuis aan de nieuwe normen en wetten bepaald door de overheid, de medisch-technische behoeften van artsen en verpleegkundigen en de moderne comforteisen van de patiënten.

In een eerste fase, die werd afgerond in juni 2003, werden reeds 6 van de 8 blokken volledig vernieuwd.
De tweede fase ging van start op 1 augustus 2006: de helft van de oude bouw aan de Diestersteenweg werd gesloopt en vervangen door een volledig nieuwe vleugel. Deze werd op vrijdag 2 oktober 2009 officieel ingehuldigd met een druk bijgewoonde academische zitting in aanwezigheid van minister Jo Vandeurzen, het knippen van het traditionele lintje en de plechtige inzegening van het gebouw door Mgr. Hoogmartens. Op zondag 4 oktober 2009 werd de nieuwe vleugel in het kader van Open Bedrijvendag opengesteld voor het publiek en begin december 2009 werd hij effectief in gebruik genomen.
Deze nieuwe vleugel beslaat een totale oppervlakte van 6.615 m2 verdeeld over 7 verdiepingen en huisvest volgende afdelingen:
Ondertussen wordt ook blok A (met de vroegere hoofdingang) grondig gerenoveerd. Deze renovatie gebeurt gespreid over 6 jaar (2005-2011) om de storende impact ervan op de organisatie en de werking van het ziekenhuis zoveel mogelijk te beperken.
Half mei 2009 keurde de Vlaamse overheid de laatste fase van het masterplan principieel goed: hierbij wordt het laatste deel van het oude ziekenhuis aan de Diestersteenweg volledig gesloopt en heropgebouwd. Deze nieuwe vleugel moet klaar zijn in 2013. Op dat moment zullen ook de afdelingen die nu nog op campus Sint-Anna zijn gevestigd naar campus Sint-Jozef worden overgebracht en zal ook de architectonische eenmaking van het Regionaal Ziekenhuis Sint-Trudo een feit zijn. In maart 2011 werd gestart met de ruwbouw van deze nieuwe vleugel.